Там, где ныне расположены селения Авдотьино, Воскресенское, Ямкино, Починки, была волость Черноголовь. Она простиралась от реки Вори как раз до реки Дубенки. В конце XIV – начале XV века на месте древнего языческого капища был основан пещерный монастырь, расположенный в природных карстовых пещерах в горе над рекой. Позднее обитель стала называться Николо-Берлюковским монастырём.
Во время польско-литовского нашествия в начале XVII века все монастырские постройки были сожжены, а часть братии укрылась в глубоких карстовых пещерах. Позже в эти места пришёл иеросхимонах Варлаам из Стромынского Успенского монастыря, к нему присоединились две старицы, Евдокия и Иулиания, они принесли с собой древнюю икону святителя Николая. Иеросхимонах Варлаам поставил деревянную часовню во имя свт. Николая Чудотворца, куда и поместил древний образ. Вскоре его собственными стараниями и при содействии жителей окрестных деревень вместо деревянной часовни был воздвигнут новый каменный Никольский храм. 
В 1719 году строится церковь во имя Иоанна Богослова, настоятелем назначается иеромонах Диодор. Сегодня в обители сохранился колокол, отлитый при о. Диодоре.
Новым строителем пустыни стал иеромонах Иосия (Самгин). Это был истовый аскет и бесстрашный защитник Православия. Истинный патриот, он стоял за правду нелицемерно, не боялся резко и даже жёстко выступать; совершал настоятель и постриги в монашество, за что был отрешён от должности и выслан на Камчатку на поселения вечныя, с ним вместе в гонения было отправлено несколько человек братии. Остальные были распределены по монастырям, а пустынь закрыта высочайшим указом.
15 марта 1779 года распоряжением Московской Духовной консистории обитель переводится в заштатную пустынь.
XIX век можно назвать «золотым веком» пустыни – эпохой строительства и укрепления духовного делания. С 1806 года иеромонахом Максимом было положено начало берлюковского пещерокопания, ведь в России наиболее полным воплощением христоподражательного смирения является именно пещерный монастырь. В 1853 году была освящена новая каменная одноглавая церковь во имя Всех Святых. В эти годы в пустыни трудится плеяда старцев высокодуховной жизни: иеросхимонах Иринарх, схимонах Варлаам, схимонах Николай-слепец, иеромонах Порфирий-афонец, иеромонах Вонифатий, иеромонах Феодорит, схимонах Арсений. 
Но главное дело того времени – строительство 88-метровой колокольни. Её венчал огромный крест из красной меди весом 38 пудов, изготовленный мастером Иваном Фёдоровичем Шуваловым. На протяжении многих лет своей истории пустынь принимала деятельное участие в избавлении от большой беды – пьянства. Она была настоящей духовной лечебницей. В ней на полном иждивении проживали люди, сражавшиеся с этой пагубной страстью.
К началу XX века пустынь имела огромное и прекрасно отлаженное хозяйство, очень большая часть его даров шла людям. Ежедневно пустынь предлагала обеды неимущим прихожанам, в обитель приезжало большое количество паломников, особенно в дни празднования чудотворной иконы «Лобзание Иисуса Христа Иудою» и Николая Чудотворца.
Но наступили тревожные дни. Русь, жившая во Христе, встретилась лицом к лицу со злом. 5 апреля 1922 года в монастыре было изъято 9 пудов 4 фунта 51 золотник серебра, а также 11 бриллиантовых камней, 2 бриллиантовые броши, 1 бриллиант большой, 5 хризолитов и жемчуг. Были изъяты все серебрёные оклады и напрестольные кресты, оклады богослужебных книг и многое другое. Своё полное несогласие с проводимой акцией заявил настоятель архимандрит Петр. Судьба его пока неизвестна.
2 февраля 1930 года состоялась последняя Божественная литургия в стенах монастыря. Через 16 дней игумен Ксенофонт, иеромонах Горгоний, послушник Григорий Архипович Аверьянов и председатель церковного совета Григорий Афанасьевич Ольхов были арестованы и увезены в Москву в Бутырскую тюрьму.
Монастырская жизнь и многовековая история в стенах Берлюковской пустыни завершилась. Мученичество есть доказательство истинности веры Христовой. Обитель и её насельники показали, что они готовы пожертвовать всем, даже своей жизнью, идя во след Христу.
Осенью 2002 года была зарегистрирована община при Берлюковском храме Христа Спасителя. Настоятелем возрождающейся обители был назначен иеромонах Евмений (Лагутин).
С этого момента трудами настоятеля и прихожан начался новый этап в жизни Берлюковской пустыни – этап восстановления и возрождения.
Валерий Геннадьевич МОРОЗОВ
Александр Николаевич ПАНИН
Адрес монастыря: 142431, Московская обл., Ногинский р-н, дер. Авдотьино.
Банковские реквизиты: р/с: 40703810940260100181 в Сбербанке России, г. Москва Мытищинское ОСБ 7810, к/с 30101810400000000225, БИК 044525225, ИНН 5031037017, КПП 503101001.